Árið 2002 var gerð forkönnun á Þingvöllum við Öxará. Tilgangur hennar var að athuga ástand minjanna og ákvarða hvar væri fýsilegast að gera frekari rannsóknir með uppgrefti. Grafnar voru könnunarholur við “Njálsbúð” vestan ár, á Miðmundatúni sunnan bæjarins, Biskupshólum sem eru milli kirkju og árbakka, og norðan Biskupshóla á árbakka Öxarár að austan. Í ljós kom að á Biskupshólum væru töluverðar mannvistarleifar, vel varðveittar og hluti þeirra m.a. mjög forn eða allt frá upphafi þinghalds. Var því ákveðið, í samráði við Þingvallanefnd, að leggja áherslu á rannsóknir á Biskupshólum.

Uppgröftur hófst á ný sumarið 2003. Til þessa höfðu einungis verið grafnir mjóir könnunarskurðir, en nú var opnað stórt svæði á norðanverðum Biskupshólum.  Árið 2004 var rannsóknum haldið áfram á Biskupshólum, og að auki opnað svæði á Miðmundatúni. Nú hafa margar, misvel varðveittar byggingaleifar komið í ljós og þær elstu eru líklega frá 10. öld.

 Á Biskupshólum er mjög stórt og fornt mannvirki, sem enn sér aðeins í að lítlu leyti. Yfir þessu stóra mannvirki eru leifar yngri minja. Óvíst er um hlutverk þeirra, en þær gætu verið búðaleifar þar sem engir gripir eða önnur ummerki fundust er gefa til kynna að þar hafi staðið útihús eða bæjarleifar.

Auk uppgraftarins á Biskupshólum var haldið áfram leit að öðrum minjum á og við þingstaðinn. Árið 2003 hafði verið gerð rannsókn á Miðmundatúni með kjarnabor og gaf niðurstaðan til kynna að helstu mannvistarleifar væri að finna syðst á túninu, norðan trjálundarins við brúna yfir Öxará. Þar höfðu áður komið í ljós tóftir í prufuskurðum árið 2002. Opnað var stórt rannsóknarsvæði norðan við prufuskurðinn frá 2002 og grafið niður á leifar byggingar með veggjum úr torfi og grjóti. Tóftin er nokkuð skemmd því að rafmagnskapall hefur verið lagður í hana miðja um eða eftir 1950. Tóftin er aflöng, um 5 m breið, en full lengd er en ekki komin í ljós. Ekki er ljóst hvort tóftin tilheyri búskaparsögu  Þingvallabæjar eða þinghaldi.

Á árunum 2002-2004 hefur talsvert nýtt efni bæst í upplýsingasafn um íslenska þingstaði og mannvirki á slíkum stöðum.  Enn er þó of snemmt að reyna að draga upp heillega mynd af þingbúðagerð eða skipulagi þingstaða, enda hefur engin búð eða önnur mannvirki verið grafin upp í heild sinni og þær minjar sem fram hafa komið eru frá ýmsum tímaskeiðum. Spennandi verður á næstu árum að hefja samanburð á uppgröfnum minjum á Þingvöllum við uppmældar tóftir á héraðsþingstöðum.  Í næsta rannsóknaráfanga verður uppgraftarsvæðið á Biskupshólum stækkað enn til suðurs og gerðar frekari rannsóknir á Miðmundatúni.