Uppgröftur í Skálholti hófst sumarið 2002. Á hverju sumri síðan þá hefur 10-12 manna hópur fornleifafræðinga og nemenda grafið á staðnum, oftast í átta vikur í senn.
Mikilvæg heimild við uppgröftinn eru gamlir uppdrættir af Skálholtsstað. Sjaldgæft er að fornleifafræðingar hafi svo haldgóð gögn. Þó er ljóst að uppgröfturinn sjálfur bætir mjög miklu við fyrirliggjandi vitneskju. Hægt er að smella á kortin til að sjá stærri útgáfur.
.gif)
Kort frá upphafi 18. aldar Kort frá 1784
2002
Stórfelldur uppgröftur hófst vorið 2002. Byrjað var að grafa norðaustarlega á bæjarhólnum, þar sem vitað var að skóli og skólaskáli myndu hafa staðið. Árið 1902 hafði verið grafin hlaða ofan í rústirnar að hluta og var eitt af fyrstu verkunum að moka upp úr hlöðugrunninum. Einnig var opnað svæði vestar og sunnar, þar sem höfðu m.a. verið sjúkrastofa, kamers og bókaskemma auk framhalds ganganna löngu sem Kristján Eldjárn gróf upp að hluta á 6. áratug 20. aldar og síðar hafa verið endurreist næst kirkjunni. Allra yngstu lög í bæjarhólnum höfðu verið jöfnuð út að hluta þegar hóllinn var sléttaður um miðbik 20. aldar en fljótlega kom í ljós að eldri minjar, frá 17.-19. öld, voru vel varðveittar þar undir. Einnig varð fljótlega ljóst að byggingaleifarnar 
pössuðu ótrúlega vel við uppdrátt sem gerður var skömmu fyrir jarðskjálftann mikla 1784. Flestar þeirra höfðu verið endurreistar og fengið nýtt hlutverk, t.d. sem skepnuhús. Óvenjulegur, hlaðinn stokkur lá eftir endilangri skólastofunni og er einna helst talið að hann hafi þjónað hlutverki miðstöðvarhitunar, heitt loft hafi verið leitt eftir honum. Vitað er að skólapiltar kvörtuðu mjög undan kulda og dragsúgi í skólastofunni. Hitastokkur í skólastofu
2003
Þetta sumar var áætlað að ljúka uppgrefti á þeim herbergjum sem byrjað hafði verið á sumarið áður og ennfremur að stækka uppgraftarsvæðið til vesturs. Á norðvesturhluta svæðisins voru biskupsherbergin, skrifstofa og bókaskemma, sem höfðu verið grafin fram að nokkru leyti 2002, að fullu rannsökuð. Þau voru lakar varðveitt eftir því sem vestar dró, einkum veggirnir, en gólflög inni í
Steinþrep milli ganga og herbergja
húsunum og ummerki um annan innri frágang voru heillegri. Ástæðan er fyrst og fremst sú að meira hefur verið rutt til á bæjarhólnum vestanverðum þegar hann var sléttaður. Í báðum þessum húsum eða herbergjum kom í ljós grjóthlaðin renna langsum eftir miðju gólfi með hellum yfir. Einnig mátti í báðum sjá undirstöður þverveggja sem sýndu að húsunum hafði verið skipt í 
tvö eða þrjú lítil herbergi með hellulögðum gólfum. Auk annarra herbergja sem grafin voru fram að hluta eða öllu leyti má nefna malara- og prestskamers og sýruklefa, en í honum mun hafa verið geymd sýra eða mysa. Lokið var við að grafa upp skólastofu og svefnskála skólapilta. Í svefnskálanum var kolsvart gólflag og mikið af gripum í því, t.d. krítarpípur, perlur og silfurhandföng, líkast til af hnífapörum. Sýruklefi með hellugólfi
2004
Árið 2004 var að mestu haldið áfram með minjar sem þegar voru komnar í ljóst árið 2003. Elsta skeið skólastofunnar var grafið upp og hafði hún klárlega verið bæði breiðari og lengri í upphafi 18. aldar en hún var 1784. Sama gildir um eldstæði sem þar var. Undir sjúkrastofunni komu í ljós leifar annarrar byggingar sem nefnd er "svefnhús" á gömlum uppdráttum en ekki er ljóst hvort þar sváfu biskupar eða skólapiltar. Margt góðra gripa fannst í leifum 
skálans, m.a. sjaldgæfur, danskur gullpeningur sem sést hér neðst á síðunni. Eldra stig sýruklefa var einnig grafið og kom í ljós að hann hafði áður verið stærri en uppgröftur 2003 sýndi og skipst í tvennt. Því er sýnt að töluverðar breytingar hafa verið gerðar á byggingum í Skálholti á 18. öldinni - enn ein sönnun þess eru göngin sem hafa sýnilega verið mjókkuð á þessu skeiði. Mörg notkunarskeið reyndust vera í biskupsherbergjum vestan ganganna. Vestan við herbergin fundust leifar annarra ganga en þau voru fremur illa varðveitt, í það minnsta yngsta byggingarskeið þeirra. Uppgröftur hófst að hluta sunnan og vestan við þau. Uppdráttur af svæðinu eins og það leit út í Hlaðið ræsi vestarlega á svæðinu
lok uppgraftar árið 2004 er hér.
Ein mikilvægasta uppgötvun ársins 2004 er hin vaxandi tvískipting milli vestari og eystri hluta innhúsanna. Á 17. öld virðist hafa verið greiður gangur milli skóla og biskupsherbergja, bókaskemmu og annarra herbergja, margir gangar tengdu þessa hluta bæjarhúsaþorpsins. Á 18. öld virðist þessum göngum smátt og smátt hafa verið lokað, líklega einum og einum frekar en það væri allt gert á sama tíma. Verið getur að þessar breytingar endurspegli stefnubreytingu á staðnum eða breytingu á félagslegu fyrirkomulagi og samskiptum biskups og skóla.
Gripir
Frá því að uppgröfturinn hófst hafa fundist mörg þúsund gripir af ýmsu tagi. Meðal helstu gripaflokka má nefna krítarpípur, keramik- og postulínsbrot, gler, textíl og ýmsa skraut- og nytjamuni t.d. úr bronsi og silfri. Myndirnar hér að ofan eru einungis agnarlítið sýnishorn af gripasafninu.