Fornleifaskráning á Íslandi á sér lengri sögu en marga grunar þótt í upphafi hafi hún verið með ólíku sniði en nú gerist og forsendurnar verið gjörólíkar.
Skipuleg skráning fornleifa á Íslandi fór fyrst fram á vegum Konunglegu dönsku fornminjanefndarinnar. Árið 1817 sendi hún út spurningalista til allra sóknarpresta í landinu og eru svör þeirra enn eina heildstæða yfirlitið sem til er um íslenskar fornleifar á landsvísu. Svör prestanna fjölluðu mest um fornleifar er vörðuðu nafnkunna menn og sögulega atburði. Í kjölfar þessa voru 10 fornminjar friðlýstar, hinar fyrstu í sögu minjaverndar á Íslandi. Voru þar á meðal sex steinar með rúnaáletrunum, en einnig forn mannvirki líkt og Snorralaug í Reykholti og meintur dómhringur á Þingvöllum á Þórsnesi.
Undir miðja 19. öld var annarri fornleifaskráningu ýtt úr vör. Hið íslenzka bókmenntafélag sendi sóknarprestum spurningalista árið 1838, en viðbrögð presta voru öllu minni en fyrr á öldinni og töldu margir þeirra engar fornleifar að finna í sínum sóknum. Er líða tók á 19. öld fór þjóðerniskennd Íslendinga vaxandi og henni fylgdi aukinn áhugi á fortíð þjóðarinnar. Í vísindum og fræðum birtist þessi áhugi einkum í rannsóknum á fornsögum, en jafnframt var sjónum beint að staðháttum og fornleifum sem hægt var að fella saman við lýsingar í fornritum. Fornleifakönnun fluttist af höndum presta til sérfróðra manna.
Það var danski norrænufræðingurinn Kristian Kaalund sem fyrstur ferðaðist um Ísland í þeim tilgangi að finna staði sem getið er um í fornsögum og lýsa staðháttum og fornminjum sem sagnir voru um að vörðuðu atburði eða einstaklinga frá söguöld. Rit hans Bidrag til en historisk-topografisk Beskrivelse av Island, sem birtist á árunum 1877-1882 (íslensk þýðing Haraldar Matthíassonar var gefin út 1984-1986 undir heitinu Íslenskir sögustaðir), er enn þann dag í dag undirstöðurit í staðfræði Íslendingasagna og hinn vandaðasti leiðarvísir um söguslóðir.
Hið íslenzka fornleifafélag var stofnað 1879 og á vegum þess fóru fornfræðingar í rannsóknarleiðangra víðsvegar um landið næstu þrjá áratugina. Þar voru í broddi fylkingar Sigurður Vigfússon og síðar Brynjúlfur Jónsson. Markmið þeirra var áþekkt markmiði Kaalunds; að finna og lýsa fornleifum sem þeir töldu að gætu skýrt einstakar frásagnir í Íslendingasögum eða varpað ljósi á þjóðskipulag Íslands á söguöldinni. Þeir Sigurður og Brynjúlfur skráðu ógrynni rústa og birtu niðurstöður sínar jafnharðan í Árbók fornleifafélagsins, en höfðu nær eingöngu áhuga á rústum sem þeir töldu vera frá elstu tíð, enda mótuðust hugmyndir þeirra mjög af fornsögunum.
Um síðustu aldamót voru einnig á ferð hér danski kafteinninn Daniel Bruun og skáldið Þorsteinn Erlingsson, en þeir beittu til muna hlutlægari aðferðum en þeir Sigurður og Brynjúlfur höfðu gert. Báðir reyndu þeir að lýsa mismunandi tegundum fornleifa og Bruun gerði fyrstur manna skipulegar rannsóknir á landbúnaðarminjum frá síðari tímum og byggingarlagi íslenskra torfhúsa.
Fyrstu íslensku þjóðminjalögin, svonefnd "Lög um verndun fornmenja", voru samþykkt árið 1907 og embætti fornminjavarðar - síðar þjóðminjavörður - stofnað. Með þessum lögum voru fornleifar skilgreindar með lagabókstaf og þjóðminjaverði heimilað að friðlýsa minjastaði. Bar honum jafnframt að semja skrá yfir allar fornleifar sem honum þótti ástæða til að friða. Lögðust leiðangrar Fornleifafélagsins þá af að mestu.
Á árunum 1927 – 1932 var fjöldi fornleifa tekinn á friðlýsingaskrá. Friðlýsingar þessar byggðu einkum á rannsóknum þeirra Sigurðar og Brynjúlfs, sem gerðar voru allt að hálfri öld áður. Má því segja að það hafi verið stefna í minjavörslu fyrri hluta aldarinnar að varðveita einkum þá staði sem taldir voru sögualdarminjar. Friðlýsingar frá árdögum opinberrar fornminjavörslu mynda meginhluta friðlýstra minja í landinu, en að jafnaði hafa friðlýsingar verið stopular síðan á 4. áratugnum.
Á sama tíma og dró úr fornleifaskráningu í byrjun aldarinnar, fór áhugi á örnefnum vaxandi og stóð Fornleifafélagið og síðar Þjóðminjasafnið að örnefnaskráningu um allt land, fram á 7. áratug aldarinnar. Í örnefnaskrám er víða að finna upplýsingar um fornleifar og þar eru rækilegustu skráningargögn um minjar frá öllum tímum, sem nú er völ á.
Fornleifaskráning í nútímaskilningi, þar sem leitast er við að skrá allar þekktar fornleifar, burtséð frá því hversu merkilegar þær kunna að þykja á hverjum tíma, hófst fyrst í Reykjavík á 7. áratugnum og hefur staðið þar með löngum hléum síðan. Ólíkt fornleifakönnun á 19. öld, sem hafði það að meginmarkmiði að finna áþreifanleg minnismerki um sögu lands og þjóðar, hefur áhugi á skráningu fornleifa síðastliðin 20-30 ár fyrst og fremst stafað af vaxandi áhyggjum af stórfelldri eyðileggingu fornleifa sökum þéttbýlismyndunar og vélvæðingar í landbúnaði. Fyrstu skref í átt að fornleifaskráningu í dreifbýli voru stigin á 8. áratugnum en þá hafði aukinn áhugi á umhverfisvernd og skilningur á mikilvægi þess að varðveita menningarminjar jafnt sem náttúruminjar, í för með sér að gerðar voru úttektir á fornleifum á svæðum þar sem fyrirhugað var að hefja stórframkvæmdir, virkjanir eða stóriðju. Helgi Hallgrímsson náttúrufræðingur skráði þannig fornleifar í Austurdal í Skagafirði, á vesturströnd Eyjafjarðar, á Tjörnesi og í Mývatnssveit.
Þrátt fyrir þennan aukna skilning náttúruverndarmanna á gildi fornleifa var mjög lítið skráð af fornleifafræðingum og fyrir 1990 höfðu aðeins tvö dreifbýlissveitarfélög (Biskupstungnahreppur og Arnarneshreppur) verið skráð. Fyrir utan Reykjavík þar sem Árbæjarsafn hefur staðið fyrir fornleifaskráningu hefur Þjóðminjasafn Íslands yfirleitt framkvæmt eða haft milligöngu um skráninguna, þó að frumkvæði hafi jafnan komið frá viðkomandi sveitarfélögum. Aðeins í undantekningartilfellum hafa skýrslur verið gerðar um þessar skráningar. Auk fornleifaskráningar á vegum opinberra aðila, hafa einstakir vísindamenn staðið fyrir fornleifaskráningu í rannsóknarskyni. Þar hefur fyrst og fremst verið um að ræða skráningu á eyðibyggðum og afdölum þar sem rústir eru í lítilli hættu. Síðast en ekki síst er rétt að minnast á að víða um land hefur áhugasamt fólk skráð fornleifar að eigin frumkvæði og á eigin kostnað. Slíkar skrár eru misjafnar að gæðum, enda upplýsingar skráðar á ýmsan hátt og misnákvæmlega, en reynast oft ómetanlegar heimildir um fornleifar sem síðar hefur verið hróflað við.
Árið 1994 hófst skipuleg skráning fornleifa á Íslandi á vegum Fornleifastofnunar Íslands. Áætlað er að vettvangsathugun allra minjastaða á Íslandi (aðalskráningu) ljúki árið 2035.