Fornleifastofnun Íslands fæst við margvísleg verkefni á sviði fornleifafræði.  Flest þeirra eru rannsóknartengd og fela oft í sér samstarf við bæði innlendar og erlendar stofnanir.  Slík verkefni eru iðulega fjármögnuð með styrkjum. 

Önnur verkefni falla undir selda þjónustu og koma oftast til vegna framkvæmda, en samkvæmt þjóðminjalögum (2001, lög nr. 107) er skylt að láta fara fram fornleifaskráningu eða jafnvel uppgröft þar sem hvers kyns framkvæmdir eru fyrirhugaðar, t.d. vegagerð, bygging sumarbústaða eða virkjanagerð.