Fornleifastofnun Íslands er sjálfseignarstofnun og starfar eftir staðfestri skipulagsskrá (Stj.tíð. 1995, B 62-65, nr. 396) samkvæmt lögum um sjóði og stofnanir nr. 19/1988. Var skráin staðfest af hálfu dómsmálaráðuneytisins þann 7. júlí 1995. Hófst þar með formleg starfsemi stofnunarinnar, en hún tók jafnframt yfir margvíslegt rannsóknarstarf sem unnið hafði verið af aðstandendum hennar allt frá árinu 1989.
Fornleifastofnun hefur sett sér metnaðarfull markmið um hágæðarannsóknir á sviði íslenskrar fornleifafræði. Stofnunin hefur einsett sér að vera í fararbroddi vísindalegra rannsókna á íslenskum fornleifum og nær þeim markmiðum með öflugum grunnrannsóknum, nánu samstarfi við innlenda og erlenda vísindamenn og rannsóknarstofnanir, og virkri akademískri umræðu sem meðal annars birtist í öflugu útgáfustarfi. Starfsemi Fornleifastofnunar er fjármögnuð með vísindastyrkjum en stofnunin tekur líka að sér þjónustuverkefni ef tryggt er að þau skili vísindalegum niðurstöðum. Stofnunin tekur ekki að sér verkefni þar sem slegið er af kröfum um vísindaleg gæði.
Stofnunin rekur safn rannsóknargagna og upplýsinga um íslenskar fornleifar (Ísleif) og gefur út alþjóðlegt tímarit um íslenskar fornleifar og skylt efni, Archaeologia Íslandica. Stofnunin hefur unnið við margvísleg fræðsluverkefni, veitir námsstyrki og tækifæri til starfsnáms, og á hennar vegum starfar Fornleifaskólinn, sem veitir ungu vísindafólki þjálfun í vettvangsrannsóknum.